Първообразът на българските военноморски сили се създава на 31 юли (12 август) 1879 г. в град Русе на река Дунав от руски флотски офицери.

За първи път българският военноморски флаг се развява над 4 параходчета, 7 парни катера и пет гребни лодки, използвани в Руско-турската война и подарени от Русия. Заедно с корабите новосъздаденият флот получава и полева ремонтна работилница за тяхната поддръжка. Първоначално корабите имат руски екипаж – 7 офицери и 58 долни чинове, но с първият набор на Българската армия към флота са зачислени 145 български новобранци.

Първи командир на българския военен флот е капитан-лейтенант Александър Конкеевич (1879 – 1882). Негов приемник е капитан-лейтенант Зиновий Рожественский (1882 – 1885), по-късно – адмирал, известен като командващ руския флот в знаменитото сражение при Цушима.

През 1883 – 1884 г. е създадена Минна част при Дунавската флотилия и са приети на въоръжение първите 25 броя мини, като за минни заградители са приспособени катерите „Ботев“ и „Левски“. На 9 януари 1881 г. (стар стил) е създадена Машинна школа за подготовка на флотски техници – предшественик на по-сетнешното Морско училище (днес ВВМУ). През 1884 година българското правителство за пръв път закупува военен кораб – яхтата „Александър I“.

Дунавската военна флотилия и съпътстващите я (главно техническо-ремонтни, снабдителни, осигурителни и др.) поделения и служби дават възможност на Княжеството да положи основите на бъдещото си морско развитие. Флотилията, освен военните си задачи и някои транспортно-държавни дейности, играе още и много важна роля за техническо ограмотяване на българите. На 2 декември 1883 г. за нуждите на Флотилията в Русе се създава първата в България хидрометеорологична служба. На 28 февруари 1884 г. се сформира и първият флотски духов оркестър с капел-майстор Франц Минарик. На 4 ноември 1883 г. командирът на Дунавската флотилия докладва във Военното министерство в София, че вече събрал и подредил няколко стотин предмета в първия в България Морски музей в две зали на тогавашните флотски казарми в Русе. В началото на 1885 г. се планира създаването и на първата в България Морска библиотека и първото флотско Техническо дружество. Флотският офицер на българска служба лейтенант В. Шишмарьов е първия български морски дипломат. Той участва през 1881 – 1882 г. в заседанията на Европейската Дунавска комисия.

В Сръбско-българската война от 1885г. Българският флот получава бойното си кръщение, но дейността му е силно ограничена, тъй като Сърбия не разполага с военен флот. В септември 1885 г. Дунавската флотилия и Морска част разполагат с параходите „Взрывъ“, „Опытъ“, „Голубчикъ“, „Александъръ I“, миноноските „Черепаха“ и „Бычокъ“, парните катери „Бавария“, „Мотала“, „Фардингъ“, „Ракета“, „Олафчикъ“, „Варна“ и „Птичка“, шлеповете „Марица“, „Янтра“, „Тунджа“ и „Ботъ №1“. На параходите своевременно са поставени по две 4-фунтови оръдия, на катерите по две скорострелни оръдия, а миноноските освен скорострелно оръдие получават и по две прътови мини. Дунавската военна флотилия осъществява успешни бойни действия по река Дунав: бойни разузнавания; военно-транспортна дейност; снабдяване; разузнаване; борба с противниковото разузнаване. Поради отзоваването на руските офицери от България, се налага командването на флота да се поеме от български офицери. Под командването на генерал (тогава капитан) Симеон Ванков Дунавската флотилия подвозва подкрепления – над хиляда войници и четници-доброволци, в това число прехвърля коменданта на Видинската крепост капитан Атанас Узунов от Русе във Видин. Доставят се муниции, оръдия и стрелково оръжие, патрулира се реката, подпомага с разузнавателни и транспортни действия и се снабдява обсадената Видинска крепост с храни, снаражение и материали. На 18/19.09.1885 г. с два парахода и една баржа във Видин са прехнърлени две доброволчески роти, четири 24-фунтови оръдия, една 6-фунтова мортира и 17 полеви оръдия, заедно с 8 500 снаряда. На 10.10.1885 г. от Русенския Арсенал в Рахово от Флотилията са прехвърлени 500 пушки и 25 000 патрона тогава и в следващите дни във Видин по вода е прехвърлена нова доброволческата дружина в състав 1-ва Добричка, 2-ра Свищовска, 3-та Варненска, 4-та Балчишка, 5-та Русенска и 6-та Шуменска чети и запасната дружина от 5-ти пехотен Дунавски полк в състав: 17-та, 18-та, 19-та и 23-та роти. На 22/23.10.1885 г. „Голубчик“ превозва от Русе до Лом две запасни роти от Варна и шест 4-фунтови оръдия. Със същия кораб са превозени до Видин и девет полски оръдия. Подвозени са 300 доброволци и снаряди за батареята на Летящия отряд, което дава възможност отряда да води активни бойни действия. На 11.11.1885 г. от Русе във Видин са доставени 6 милиона патрона и в Оряхово още 2 милиона. Параходите „Александъръ I“, „Опытъ“, „Взривъ“ правят общо 118 курса, допълнително действат миноноските и парните катери „Олафчикъ“, „Ракета“, „Черепаха“ (последната пребазирана в Арчар). Формиран е отряд катери подчинени на крепостта – базирания в Лом „Любен Каравелов“ (до 1887 г. под името „Фардингъ“), „Стефанъ Караджа“ (до 1887 г. под името „Мотала“) с „Борисъ“ (до 1887 г. под името „Бавария“) базирани във Видин и „Бычокъ“ подчинен директно на коменданта на крепостта. „Стефанъ Караджа“ осигурява и съобщенията на обсадената Видинска крепост с командването в София чрез писма и телеграми през Калафат. Към отряда в Лом са предадени и двете миноноски. Известието за българската победа и края на войната в обсадената Видинска крепост също е донесено от флотилията.

Бойни заслуги печели катерът Стефан Караджа („Мотала“) с командир корабника Иван Великов, който пленява 2 противникови съда. Първия в средата на ноември при патрул пред Видинската крепост когато е забелязн кораб със загасени светлини промъкващ се край румънския бряг, установявайки, че е открит корабът бяга към прикритието на сръбските батареи, но българските моряци отрязват пътя му за отстъпление и след престрелка корабът е пленен, оказва се сръбски ветроход пренасящ 400 чувала провизии за разположените на десния фланг сръбски войски. При следващ патрул на същия катер отново е забелязан промъкващ съд, този път се край видинското пристанище. След яросно преследване съдът също е заловен, оказва се самоходен понтон със сръбска разузнавателна група. Съдът и сръбските войници се предават на българката флотска единица и са взети в плен. Това са първите бойни победи на съвременния ни военен ни флот.

През Балканската война 1912 – 1913 личният състав на Дунавската военна флотилия формира първите кадри за новосъздаващите се български флотски формирования на Мраморно море и Българския беломорски флот. Военните моряци от Дунавската флотилия минират новоосвободените български акватории по новите ни южни граници. Продължава и отговорната военно-транспортна дейност между българските дунавски пристанища и крепости.

През Междусъюзническата война 1913 г. поради заплаха да попаднат в плен, корабите на Дунавската военна флотилия по заповед на Главното командване се самопотопяват в р. Дунав.

През Първата световна война военните моряци успешно защитават българските дунавски брегове. След войната Дунавската военна флотилия охранява речната граница, обучава стотици български моряци и офицери, демонстрира българския военноморски флаг. Флотилията е ликвидирана през 1961 г.

В новия исторически период за кратко време (1991 – 1993 г.) на река Дунав в гр. Русе се базира дивизион рейдови миночистачи.